La variazione genetica nei genomi di 3.000 maiali Alentejan sarà studiata con sequenziamento all'avanguardia. Gli studi che associano gli SNP e i fenotipi raccolti (crescita, produttività delle noci, caratteristiche della carcassa, qualità della carne) individueranno i marcatori molecolari da utilizzare nel programma di allevamento. Sarà inoltre sviluppato un sistema di tracciabilità molecolare per la razza e i suoi prodotti.