Il ministero delle Finanze della Repubblica slovacca è stato approvato con la risoluzione del governo n. 318/2013 quale autorità di certificazione per i programmi operativi del periodo di programmazione 2014-2020 finanziati dal Fondo europeo di sviluppo regionale, dal Fondo sociale europeo, dal Fondo di coesione e dal Fondo europeo per gli affari marittimi e la pesca, compresi i programmi dell'obiettivo "Cooperazione territoriale europea" in cui la Slovacchia svolge il ruolo di autorità di gestione. L'autorità di certificazione svolge il ruolo di organismo incaricato di coordinare e guidare gli organismi coinvolti nel sistema di gestione finanziaria, redigere i conti, redigere le domande di pagamento e presentarle alla Commissione europea, ricevere i pagamenti dalla Commissione europea, liquidare le relazioni finanziarie (in particolare per irregolarità e rettifiche finanziarie) con la Commissione europea e a livello nazionale, nonché effettuare pagamenti a singoli programmi. Il progetto è volto a finanziare i costi del lavoro per la capacità amministrativa, il cui compito è quello di garantire la qualità delle funzioni dell'organismo di certificazione.