Lo strumento finanziario del Fondo per la gestione delle risorse idriche mirerà ad aumentare la disponibilità e la qualità dell'approvvigionamento di acqua potabile e la gestione delle acque reflue al fine di proteggere l'ambiente dagli effetti nocivi delle acque reflue, aumentare il numero di utenti collegati a sistemi centralizzati e il numero totale di utenti di sistemi centralizzati, migliorare la qualità e l'efficienza dei servizi e ridurre le perdite e gli incidenti nelle reti. Secondo l'analisi della valutazione preliminare, il deficit complessivo di finanziamento nel settore della gestione delle risorse idriche ammonta a circa 3,5 miliardi di EUR. La Repubblica di Lituania gestisce oltre 14 000 chilometri di approvvigionamento di acqua potabile e oltre 10 000 chilometri di reti di raccolta delle acque reflue, più della metà delle quali si è deteriorata o superiore al 60 % e presenta tassi di perdita e infiltrazione di acqua molto scarsi. Il collegamento della popolazione alle reti di approvvigionamento di acqua potabile e di raccolta delle acque reflue varia notevolmente da un comune all'altro — si stima che per raggiungere la quota del 95 % dei consumatori connessi, circa il 13 % dei consumatori debba essere collegato alle reti di acqua potabile e il 16 % dei consumatori debba essere collegato alla rete fognaria. Il Fondo fornirà prestiti a lungo termine (fino a 20 anni) ai fornitori pubblici di acqua potabile e ai gestori delle acque reflue autorizzati per lo sviluppo e la ristrutturazione delle reti di approvvigionamento di acqua potabile e di raccolta delle acque reflue.