Dal 1995 il PNR Ballons des Vosges partecipa all'attuazione di Natura 2000 sul suo territorio. Da oltre 15 anni il PNR Ballons des Vosges gestisce siti per la redazione di documenti oggettivi, in quanto è stata costruita la rete Natura 2000. Da allora, il PNR ha mantenuto la gestione del progetto per l'attuazione dei documenti oggettivi. Oggi sono 28 i siti (24 Zone Speciali di Conservazione e 4 Zone di Protezione Speciale) che il Parco ospita su 79.000 ettari, pari a quasi un quarto del suo territorio. 24 ZSC e 2 ZPS riguardano la regione del Grand-Est (circa 56 563 ettari). Il progetto riguarda l'animazione dei 24 siti Natura 2000 gestiti dal PNR Ballons des Vosges, la prosecuzione dell'animazione dei documenti oggettivi, il loro aggiornamento, ma anche la prosecuzione della consultazione con gli attori locali, in particolare con i comitati direttivi.Le azioni concrete individuate a livello locale e incluse nei documenti oggettivi convalidati continueranno ad essere attuate. L'animazione è implementata internamente da un team che lavora al progetto.