O FSE II em ČZU é um projeto abrangente que visa melhorar a qualidade das atividades educativas, introduzir práticas em programas de estudo, aumentar a participação de estudantes com SP na educação, internacionalizar o ambiente de ČZU, desenvolver ligações entre licenciados universitários em ligação com a aplicação de graduados no mercado de trabalho com o objetivo de implementação na gestão estratégica de programas de estudo na universidade e ainda em atividades que levam a um aumento do interesse em estudar na ČZU a partir das fileiras de estudantes. É importante a ligação do projeto a projetos complementares do FEDER.