EMRA-projektets huvudsakliga mål är att förbättra naturmiljön och återskapa viktiga livsmiljöer för vattenlevande organismer i älvsystem som är påverkade av storskalig vattenkraft och flottning. Målet är även att skapa ett aktivt och gränsöverskridande samarbete mellan projektaktörerna som syftar till att möta de utmaningar projektområdets ekologiska tillstånd utsätts för, dess resiliens. Ett delmål är att utveckla nya och innovativa restaurerings- och återställningsmetoder i arbeten i avrinningsområden och vattendrag (em inglês). Projektmålen kommer att uppnås genom ett tätt samarbete och kunskapsutbyte mellan Finland och Sverige, genom insamlandet av ny kunskap, vidareutveckling av befintlig kunskap samt genom harmonizering av metoder och definitioner mellan länderna. Åtgärder i oreglerade biflöden som istället är nyttjade som flottleder bedöms gynna de arter som missgynnats av vattenkraften i älvens huvudfåra samtidigt som välmående biflöden ger bättre förutsättningar för habitatförbättrande åtgärder i reglerade älvar. Genomförda biotopåtgärder och en bra förvaltning av öringsstammarna ökar dels den biologiska mångfalden och ger dessutom bättre förutsättningar för friluftsliv, rekreation och sportfiske. Eu projektet samarbetar miljömyndigheterna med vattenkraftsproducenterna i bägge länderna, detta skapar goda synergier och utvecklingsmöjligheter.