O principal objetivo do projeto é assegurar uma execução eficiente e eficiente dos programas operacionais: POPC e POIG, garantindo os recursos humanos e as condições necessárias para garantir o bom funcionamento da instituição. O POPT disponibiliza recursos financeiros para apoiar processos de preparação, gestão, execução, acompanhamento, avaliação e controlo da execução, bem como informação, promoção e avaliação dos programas da União.