O bom estado ecológico dos rios do Parque Florestal Nacional permite a presença de espécies notáveis como a cegonha-preta e o lagostim-de-pé-branco. Os conhecimentos continuam incompletos para muitas espécies aquáticas, em especial os moluscos bivalves, incluindo a grande ciclovia, que é uma das espécies que suscita maior preocupação. Em consonância com os objetivos da Carta, o Parque Florestal Nacional realiza um programa de 3 anos destinado à conservação de um conjunto de espécies de ambientes aquáticos na parte Haut-Marnaise do seu território. O projeto consistirá no desenvolvimento dos conhecimentos adquiridos sobre estas espécies, na identificação ou mesmo na experimentação de medidas de gestão e recuperação dos cursos de água com base no retorno de informação e na proposta de ações de sensibilização e comunicação.