O tema do projeto Monitorização e cartografia de espécies selecionadas de plantas e animais e monitorização de áreas protegidas (que trabalha na Monitorização 3) é um conjunto de atividades que complementam e atualizam os conhecimentos sobre a ocorrência e o estado de espécies importantes para a proteção da natureza (espécies de importância europeia, espécies de proteção especial, espécies raras e ameaçadas) e dos habitats naturais, tanto a nível nacional como a nível do estado das espécies e dos objetos de habitat das áreas protegidas.