O PIPSEMS está dividido em 6 eixos de intervenção: Promoção da Igualdade de Oportunidades; Promoção da Leitura; Promoção da Literacia em Saúde; Promoção do Desporto Escolar; Mecanismos de Diagnóstico, Acompanhamento, Monitorização e Avaliação; Promoção e Partilha de Boas Práticas, acolhendo atividades integradas e multisetoriais dirigidas aos alunos das escolas da rede pública do Município do Seixal.