A fim de apoiar a organização e o funcionamento da Unidade de Planeamento Estratégico da Universidade do Mar Egeu, de acordo com os requisitos do quadro institucional da Estratégia Nacional para o Ensino Superior no que diz respeito ao planeamento estratégico das IES, as especificações da Unidade Nacional de Planeamento Estratégico da Universidade do Mar Egeu e as especificidades decorrentes da estrutura administrativa da Universidade do Mar Egeu devido ao seu caráter poliédrico e polinésico, para elaborar um plano estratégico para o seu desenvolvimento académico na área europeia e internacional, a Universidade do Mar Egeu implementará a Unidade de Planeamento Estratégico Operacional da Universidade do Mar Egeu, que visa o funcionamento sistematizado da Unidade de Planeamento Estratégico, utilizando procedimentos ótimos através da preparação de estudos e análise de dados de qualidade para a elaboração de um plano estratégico para o desenvolvimento académico da Universidade do Mar Egeu e das suas unidades académicas individuais e de apoio e serviços, em cooperação com a Unidade de Garantia da Qualidade da Fundação e da Autoridade Nacional de Ensino Superior.