No processo de implementação das prioridades de saúde, o Ministro da Saúde atua como Instituição Intermédia do Programa Operacional Infraestruturas e Ambiente 2007-2013 e do Programa Operacional Infraestruturas e Ambiente 2014-2020, a Instituição Intermédia do Programa Operacional Desenvolvimento da Educação do Conhecimento, a Instituição Intermédia de segundo grau do Programa Operacional Capital Humano, e desempenha as tarefas da unidade que coordena a intervenção do FEEI nos cuidados de saúde. O objectivo do projecto é dotar as instituições supramencionadas de recursos humanos que lhes permitam funcionar eficazmente. Garantir e manter um nível adequado de emprego, tanto em termos do número de pessoas como das qualificações exigidas, é essencial para a boa execução das tarefas relacionadas com o encerramento das perspectivas financeiras 2007-2013 e para a preparação e o arranque da execução no âmbito da próxima perspectiva do programa operacional. O projeto visa financiar a remuneração do pessoal do Ministério da Saúde envolvido na execução de tarefas relacionadas com a preparação, gestão, execução, acompanhamento, avaliação, informação e promoção de projetos no âmbito do PO e do CL e PO WER, bem como do pessoal envolvido na coordenação das intervenções no setor da saúde ao abrigo das perspetivas financeiras 2014-2020.