No âmbito do projeto, o Ministério da Ciência e do Ensino Superior desenvolverá programas de doutoramento, em cooperação com representantes da comunidade académica e científica e com a participação ativa de representantes de organizações patronais. Os programas abordarão tanto a definição de perfis dos estudos como a definição de resultados de aprendizagem básicos e de métodos para os estudantes os alcançarem. Um aspeto importante dos programas em preparação será também a tomada em consideração de conteúdos relevantes para o desenvolvimento socioeconómico, incluindo a garantia da possibilidade de transferência/comercialização dos resultados dos estudos de doutoramento. Os programas de educação criados devem também contribuir para o desenvolvimento das competências de investigação e das competências dos estudantes de doutoramento não profissionais. Os programas abrangerão estudos de doutoramento para todas as áreas da educação, incluindo os realizados em mais do que uma área e conduzidos por mais do que uma unidade científica. Os programas de doutoramento estabelecidos basear-se-ão em conclusões elaboradas no âmbito dos chamados programas de doutoramento. Iniciativas Salzburg II, publicadas em 2010, e as «Regras para uma formação doutoral inovadora», desenvolvidas pelo Grupo Diretor do EEI e recomendadas nas conclusões do Conselho da União Europeia. No futuro, serão implementados, sob a forma de concurso, programas curriculares desenvolvidos para programas de doutoramento interdisciplinares de programas de doutoramento internacionais, bem como programas de doutoramento, cruciais para a economia e a sociedade, que apoiem a inovação do país e garantam a possibilidade de transferência/comercialização dos resultados dos estudos de doutoramento.