Assegurar a aplicação efetiva do PO WER pelo Ministério da Saúde, atuando como instituição intermediária para o eixo prioritário V através, nomeadamente: assegurar uma capacidade institucional adequada, assegurar o processo adequado de seleção, verificação, acompanhamento e controlo dos projetos, bem como a informação, a promoção e a avaliação.