Genetska variacija genomov 3.000 alentejanskih prašičev bo preučena s sekvenciranjem zadnje generacije. Študije o združenjih med opredeljenimi SNP in zbranimi fenotipi (rast, produktivnost oreškov, značilnosti trupa, kakovost mesa) bodo opredelile molekularne označevalce za uporabo v programu za izboljšanje. Razvit bo tudi sistem molekularne sledljivosti za pasmo in njene proizvode.