PATOGENI, ODPORNI NA ANTIBIOTIKE, KOT JE ENTEROCOCOCOCO-VANCOMICIN (REV), SO VEDNO VEČJI PROBLEM PRI HOSPITALIZIRANIH BOLNIKIH IN POGOSTO POVZROČAJO OKUŽBE PO ZDRAVLJENJU Z ANTIBIOTIKI. OKUŽBE Z ERV SE OBIČAJNO ZAČNEJO V ČREVESJU. V NORMALNIH POGOJIH NAŠE ČREVESJE KOLONIZIRA VEČ STO KOMENZALNIH BAKTERIJ, MIKROBIOTA, KI ZAVIRA ČREVESNO KOLONIZACIJO Z VRE, KI SE IMENUJE „ODPORNOST NA KOLONIZACIJO“ (CR). NASPROTNO PA UPORABA ANTIBIOTIKOV SPREMENI SESTAVO MIKROBIOTE, KAR OMOGOČA, DA VRE KOLONIZIRA ČREVESJE IN SE NATO RAZŠIRI V KRI, KJER LAHKO OGROZI BOLNIKOVO ŽIVLJENJE. ZATO JE RAZUMEVANJE, KAKO IN KAJ ČLANI MIKROBIOTE PRENAŠAJO CR IN KAKO ANTIBIOTIKI SPODBUJAJO OKUŽBO, KLJUČNEGA POMENA, ČE ŽELIMO PREPREČITI OKUŽBE Z VRE. VENDAR PA JE ZARADI POMANJKANJA TEHNIK ZA ANALIZO MIKROBIOTA TEŽKO PREUČITI TO KLINIČNO POMEMBNO PODROČJE. NA SREČO NOVE TEHNIKE SEKVENCIRANJA MASE ZDAJ OMOGOČAJO PODROBNO ŠTUDIJO MIKROBIOTE IN NJENIH GENOV (MIKROBIOM). NAŠA SKUPINA JE PIONIR TO NOVO METODOLOGIJO ZA IDENTIFIKACIJO MIKROBIOTA SPREMEMB, KI SPODBUJAJO KOLONIZACIJO VRE IN PREPOZNATI TISTE BAKTERIJSKE VRSTE, KI POVZROČAJO CR. POKAZALI SMO, DA ODSTRANITEV NEKATERIH BAKTERIJ IZ MIKROBIOTE, VKLJUČNO Z BARNESIELLA, RUMINOCOCCACEAE, LACHNOSPIRACEAE, ALISTIPES, ALLOBACULUM, POVEČA TVEGANJE ZA OKUŽBO. POLEG TEGA REKONSTITUCIJA MIŠI, ZDRAVLJENIH Z ANTIBIOTIKI S TEMI BAKTERIJAMI, ZNATNO ZMANJŠA KOLONIZACIJO Z VRE. PO OPREDELITVI SPECIFIČNIH MIKROBIOTNIH BAKTERIJ, KI SPODBUJAJO CR, V TEM PROJEKTU PREDLAGAMO, DA SE OPREDELIJO MEHANIZMI, S KATERIMI TE BAKTERIJE ZAGOTAVLJAJO ZAŠČITO. NAŠI OBJAVLJENI REZULTATI KAŽEJO, DA MIKROBIOTA POVZROČI CR V ODSOTNOSTI BISTVENIH SESTAVIN IMUNSKEGA SISTEMA. ZATO SE BOMO V TEM PROJEKTU OSREDOTOČILI NA DOLOČANJE MEHANIZMOV, S KATERIMI MIKROBIOTA NEPOSREDNO POVZROČA ODPORNOST (KOMETIKA S HRANILI, PROIZVODNJA INHIBITIVNIH SNOVI). DA BI DOSEGLI TA CILJ, BOMO NAJPREJ OPREDELILI HRANILA, KI JIH UPORABLJAJO PATOGENI IN ZAŠČITNE BAKTERIJE (BPS) V ČREVESJU MIŠI. ZA TO BOMO UPORABILI OMIČNE TEHNIKE (METAGENOMICA IN METATRANSCRIPTOMICA) ZA IDENTIFIKACIJO GENOV, IZRAŽENIH ZA PRIDOBIVANJE HRANIL IN VIVO, IN METABOLOMSKIH TEHNIK ZA IDENTIFIKACIJO HRANIL, KI SO SE IN VIVO ZMANJŠALA PO KOLONIZACIJI Z VRE ALI BPS. POLEG TEGA BOMO IN VITRO IDENTIFICIRALI HRANILA, KI SO BISTVENA ZA RAST VRE, S TEHNIKO IDENTIFIKACIJE MUTANTOV S PRENOSOM IN VIVO PA BOMO IDENTIFICIRALI GENE, KI JIH VRE POTREBUJE ZA KOLONIZACIJO ČREVESJA IN PRIDOBIVANJE HRANIL. KO BODO OPREDELJENE STRATEGIJE, KI JIH UPORABLJATA VRE IN BPS ZA IZKORIŠČANJE HRANILNIH SNOVI, BODO PRESKUSI IN VITRO IN IN VIVO POKAZALI VLOGO KONKURENCE HRANIL PRI CR V PRIMERJAVI Z VRE. PO DRUGI STRANI PA BODO OMIČNI PROFILI BPS IN VIVO IDENTIFICIRALI MOŽNE INHIBITORNE MOLEKULE, KI BODO PRESKUŠENE V TESTIH ZAVIRANJA RASTI, DA BI OPREDELILI VLOGO TEH MOLEKUL V CR. INFORMACIJE, PRIDOBLJENE V TEM PROJEKTU, BODO PODLAGA ZA NOVE TERAPEVTSKE STRATEGIJE ZA BOJ PROTI OKUŽBAM Z ERV, PATOGENOM, KI PRIDOBIVA ODPORNOST NA MALOŠTEVILNE RAZPOLOŽLJIVE TERAPEVTSKE MOŽNOSTI.
