EMRA-projektets huvudsakliga mål är att förbättra naturmiljön och återskapa viktiga livsmiljöer för Vattenlevande bodyer i älvsystem som är påverkade av storskalig vattenkraft och flottning. Målet är även att skapa ett aktivt och gränsöverskridande samrbete mellan projektaktörerna som syftar do att möta de utmaningar projektområdets ekologiska tillstånd utsätts för, dess resiliens. ETT delmål är att utveckla nya och innovativa restaurerings- och återställningsmetoder i arbeten i avrinningsområden och vattendrag. Projektmålen kommer att uppnås genom ett tätt samarbete och kunskapsutbyte mellan Finska och Sverige, genom insamlandet av ny kunskap, vidareutveckling av befintlig kunskap samt genom harmonizira av metoder och definitioner mellan länderna. Åtgärder i oreglerade biflöden som istället är nyttjade som flottleder Bedöms gynna de arter som missgynnats av vattenkraften i Älvens huvudfåra samtidigt som välmående biflöden ger bättre förutsättningar för habitatförbättrande åtgärder i reglerade älvar. Genomförda biotopåtgärder och en bra förvaltning av öringsstamarna ökar dels den biologiska mångfalden och ger dessutom bättre förutsättningar för friluftsliv, rekreacija och sportfiske. I projektit samarbetar miljömyndigheterna med vattenkraftsproducenterna i bägge länderna, detta skapar goda synergier och utvecklingsmöjligheter.