Cilj ISE je opredeliti MSP, ki potrebujejo dodatno vrednost, in pospešiti inovacije s spodbujanjem čezmejnih povezav, sodelovanja in prenosa tehnologije z drugimi MSP, inštituti znanja in strokovnjaki. Cilj projekta je zagotoviti dve glavni poti podpore: „uvedba inovacij“ (WP1) v številne prednostne sektorje ter „inkubacija in povezovanje inovacij“ (WP2 in 3) med MSP s potencialom rasti iz sektorjev, izpostavljenih v regionalnih strategijah S3. Številne partnerske regije so „spremljevalci inovacij“. ISE bo povečal število malih in srednjih podjetij, ki uvajajo inovacije na nove trge.