Glavni cilji projekta regionalnega observatorija Avifauna so izboljšati znanje o različnih vrstah ptic v regiji, spremljati njihov razvoj, oceniti stanje ohranjenosti in prispevati k razvoju kazalnikov ter dati na voljo potrjene podatke. S tem se bodo oblikovala orodja za podporo odločanju za krepitev ukrepov za ohranjanje in upravljanje biotske raznovrstnosti na podregionalnih območjih.