Molekule RNA igrajo ključne funkcije v živih organizmih. Te funkcije so odvisne od 3D strukture in so pogosto modulirane z majhnimi kemičnimi molekulami. Številne RNA so tarče majhnih molekulskih zdravil, in obstaja vse večje povpraševanje po razvoju novih in po metodah za analizirajoče interakcije RNA- ligand. Na žalost je določitev eksperimentalne strukture za komplekse RNA-ligand zelo težka in draga. Računalniške metode so bile razvite za napovedovanje samo struktur RNA 3D, vendar ni metod za modeliranje 3D struktur in dinamike RNA-ligand kompleksov. Predlagamo razvoj računalniške metode za napovedovanje interakcij RNA-ligand s popolno prilagodljivostjo. Omogoča simulacije konformacijskih sprememb v molekulah RNK kot odziv na vezavo liganda. Napovedi bodo potrjene eksperimentalno – v študijah RNK, za katere je znano, da jih urejajo majhne molekule, in razvili bomo nove inhibitorje za RNK iz bakterijskih in virusnih patogenov.